Biokraftstoffe (auch: Biotreibstoffe, Agrotreibstoffe) sind flüssige oder gasförmige Kraftstoffe, die aus Biomasse hergestellt werden. Sie kommen für den Betrieb von Verbrennungsmotoren für mobile und stationäre Anwendungen zum Einsatz. Ausgangsstoffe für Biokraftstoffe sind pflanzliche Rohstoffe wie z. B. Ölpflanzen, Getreide, Zuckerrüben oder -rohr, Wald- und Restholz sowie Holz aus Schnellwuchsplantagen und speziellen Energiepflanzen.

Die EU-Richtlinie 2003/30/EG beschreibt und regelt die Verwendung von Biokraftstoffen in Europa. Sie können die fossilen Kraftstoffe Diesel, Benzin und Erdgas substituieren. Teilweise müssen Motoren und/oder Kraftstoffsysteme an die Biokraftstoffe angepasst werden. Biokraftstoffe werden in Reinform und als Beimischungen zu fossilen Kraftstoffen verwendet.

Es werden unter anderem folgende Arten von Biokraftstoffen unterschieden: Biodiesel, Pflanzenöl-Kraftstoff, Bioethanol, Biomethan und synthetische Biokraftstoffe (Biomass-to-Liquid).